viernes, 25 de junio de 2021

Átomos y enlaces

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Al igual que otros animales, las hormigas tienen estructuras y mecanismos que los defienden del ataque (Youtube: Hormigas lanzando ácido fórmico). Las hormigas de madera viven en colonias de cientos o miles, y la colonia en su conjunto tiene una forma particularmente efectiva de tratar con los enemigos. Cuando se les amenaza desde arriba, las hormigas lanzan descargas de ácido fórmico al aire desde su abdomen, y el ácido bombardea al depredador potencial, como un ave hambrienta. El ácido fórmico es producido por muchas especies de hormigas y de hecho toma su nombre de la palabra latina para hormiga, formica. Para muchas especies de hormigas, el ácido fórmico no se dispara, sirve como un desinfectante que protege a las hormigas contra parásitos microbianos. Los científicos saben desde hace mucho tiempo que los productos químicos juegan un papel importante en la comunicación de insectos, la atracción de compañeros y la defensa contra los depredadores.

Figura 20.  Hormigas defendiendo su colonia. El ácido fórmico es el más simple de los ácidos orgánicos, formalmente lo llamamos ácido metanoico, y es entre otras producido en el hígado cuando consumimos alcohol adulterado, es tóxico ya sea por contacto, pero es mortal al ingerirse o crearse en el hígado.

La investigación sobre hormigas y otros insectos es un buen ejemplo de cuán relevante es la química para el estudio de la vida. A diferencia de los cursos universitarios y de bachillerato, la naturaleza no está cuidadosamente empaquetada en las ciencias individuales: biología, química, física, etc. Los biólogos se especializan en el estudio de la vida, pero los organismos y sus entornos son sistemas naturales a los que se aplican los conceptos de química, biología y física. La biología es multidisciplinaria. Ahora, dado que los seres vivos son sistemas físico-químicos, es conveniente dar una mirada al modo en que entendemos dichos sistemas.

Mientras estudias ahora mismo, todo lo que te rodea, incluidos tu escritorio y tu computadora, está hecho de materia. La materia se puede definir como cualquier cosa que existe en el espacio-tiempo, ya sea la materia que ocupa espacio y tiene masa, los campos que generan atracciones o repulsiones y la radiación electromagnética como la luz. La materia puede existir como un sólido, líquido, gas o plasma. Los organismos vivos, como nosotros mismos, y las cosas no vivas, como el aire que respiramos, están hechos de materia. Toda la materia está compuesta de elementos. Un elemento es una sustancia material que no puede descomponerse en otras sustancias por medios químicos ordinarios. Solo hay 92 elementos naturales y cada uno de estos se diferencia de los demás en sus propiedades químicas o físicas, como densidad, solubilidad, punto de fusión y reactividad, siendo la mayoría metales de color gris como la plata o el hierro.

Si bien todos los elementos están presentes en la Tierra, la proporción de cada elemento difiere entre los organismos vivos y las cosas no vivas. Cuatro elementos -carbono, hidrógeno, nitrógeno y oxígeno- constituyen aproximadamente el 96% del peso corporal de la mayoría de los organismos, siendo estos no-metales. Desde formas de vida sencillas y unicelulares hasta plantas y animales multicelulares complejos todos están hechos principalmente de estos cuatro elementos. Otros elementos, como el fósforo, el calcio y el azufre, también se pueden encontrar en abundancia en los organismos vivos. Varios elementos, incluidos minerales como el zinc y el cromo, se encuentran a niveles muy bajos o de trazas. Independientemente de su abundancia y función en organismos vivos, los elementos básicos de cada elemento comparten algunas características comunes.

La teoría atómica establece que los elementos consisten en pequeñas partículas llamadas átomos. Como cada elemento consta de un solo tipo de átomo, se le da el mismo nombre a un elemento y sus átomos. Este nombre está representado por una o dos letras, llamadas el símbolo atómico. Por ejemplo, el símbolo  representa un átomo de hidrógeno, y el símbolo  (para natrium en latín) representa un átomo de sodio. Si pudiéramos mirar dentro de un solo átomo, veríamos que está compuesto principalmente de tres tipos de partículas subatómicas: neutrones, que no tienen carga eléctrica; protones, que tienen una carga positiva; y electrones, que tienen una carga negativa. Los protones y los neutrones se encuentran en el centro de un átomo, que se llama núcleo, mientras que los electrones se mueven alrededor del núcleo.

Entender la estructura de un átomo es algo muy difícil, y los científicos aun discuten como mejorar nuestra comprensión de ellos, a lo largo del tiempo se han propuesto imágenes matemáticas y pictóricas que los representan, siendo conocidos como los modelos atómicos.  Los modelos son como mapas de un átomo, que lo describen con un diverso nivel de exactitud. De lo anterior, tres son los modelos del átomo empleados comúnmente por los científicos, como esferas, cuyo tamaño y color didáctico indican la identidad del átomo, siendo este el modelo de Dalton. Como sistemas solares en miniatura donde los electrones orbitan al núcleo, como los planetas orbitan al Sol, siendo este el modelo perfeccionado de Rutherford; y como un conjunto de ecuaciones matemáticas supercomplejas que es difícil de expresar en una imagen, llamado modelo mecánico-cuántico, que es el modo en que los físicos-matemáticos entienden al átomo.

Afortunadamente para los propósitos de la biología, no tenemos que lidiar normalmente con el átomo mecánico-cuántico, así que nos enfocaremos en el modelo de Dalton y el modelo de sistema solar también conocido como modelo semi-cuántico o modelo de Bohr. Como mencionamos anteriormente, el modelo de Dalton representa a los átomos como esferas de diferente tamaño y por ende, de diferente masa, los cuales se identifican didácticamente con colores que asignamos los científicos para que los modelos se vean artísticamente hermosos.

Figura 21.  Modelo atómico de Bohr para el helio. Los elementos no son modelos pictóricos sino materiales reales, Carl Sagan nos lo puede explicar mejor (YouTube).

La Figura 21 muestra la disposición de las partículas subatómicas en un átomo de helio, que tiene solo dos electrones. El círculo representa la ubicación aproximada de los electrones en función de su estado de energía, siendo llamado órbita o nivel de energía.

Sin embargo, los electrones están en un estado constante de movimiento, por lo que su ubicación estimada a menudo se muestra como una nube en los modelos cuánticos más modernos. En general, la mayor parte de un átomo es espacio vacío. De hecho, si pudiéramos dibujar un átomo del tamaño de un estadio de futbol, el núcleo sería como un chicle en el centro del estadio, y los electrones serían diminutas motas girando en las gradas superiores. Aunque el resto del espacio es vacío, la ilusión de solidez es generada por las cargas electrónicas que generan una fuerza de campo que llena al núcleo e impide que otros átomos invadan su espacio.

Dado que los átomos son una forma de materia, es de esperar que cada átomo tenga una cierta masa. En efecto, el número de masa de un átomo es casi igual a la suma de sus protones y neutrones. Los protones y los neutrones tienen asignada una unidad de masa cada uno. Los electrones, al ser materia, tienen masa, pero son tan pequeños que se supone que su masa es cero en la mayoría de los cálculos. El término masa se usa, en lugar de peso, porque la masa es constante, pero el peso está asociado con la gravedad y, por lo tanto, varía según la ubicación de un objeto en el universo. Todos los átomos de un elemento tienen la misma cantidad de protones.

Esto se llama número atómico del átomo. La cantidad de protones hace que un átomo sea único y puede usarse para identificar a qué elemento pertenece el átomo. Como veremos, la cantidad de neutrones puede variar entre los átomos de un elemento. El promedio de los números de masa para estos átomos se llama masa atómica, aunque incorrectamente en la mayoría de las tablas periódicas de mano es referido como el peso atómico.

El número atómico te dice la cantidad de protones con carga positiva. Si el átomo es eléctricamente neutro, entonces el número atómico también indica el número de electrones cargados negativamente. Para determinar la cantidad habitual de neutrones, reste la cantidad de protones de la masa atómica y esta deberá estar redondeada a sin decimales.

Todos estamos familiarizados con los elementos. El hierro, el sodio, el oxígeno y el carbono son comunes en nuestras vidas, pero ¿de dónde se originan? Las reacciones químicas normales no producen elementos. La mayoría de los elementos más pesados que el hidrógeno, como el hierro, se producen solo por las intensas reacciones químicas y físicas dentro de las estrellas. Cuando estas estrellas alcanzan el final de sus vidas, explotan y producen una supernova.

Las supernovas crean elementos más pesados que el hierro y los dispersan ​​en el espacio, donde eventualmente están involucrados en la formación de planetas. El fallecido astrónomo y filósofo Carl Sagan (1934-1996) con frecuencia se refirió a los humanos como "polvo de estrellas". En muchos sentidos, nosotros, y todos los demás organismos vivos, estamos formados por elementos que se originaron dentro de las estrellas o cuando estas murieron. La única excepción es el hidrógeno, que se formó directamente del caos primigenio del bigbang, y este elemento sigue siendo el más común en nuestro universo.

Los isótopos son átomos del mismo elemento que difieren en el número de neutrones. En otras palabras, los isótopos tienen el mismo número de protones, pero tienen diferentes números de masa.

En algunos casos, un núcleo con exceso de neutrones es inestable y puede decaer emitiendo radiación. Tal isótopo se dice que es radiactivo. Sin embargo, no todos los isótopos son radiactivos. La radiación emitida por los isótopos radiactivos se puede detectar de varias maneras.

Figura 22.  Isótopos del hidrógeno y el carbono. Los isótopos del hidrógeno son los únicos que tienen nombres propios: protio el más común, deuterio y tritio. Las cargas eléctricas son las mismas “número de electrones rotando alrededor del núcleo”, y por eso pertenecen al mismo elemento, pero difieren en los neutrones y por ende en su masa (Arriba).  Todos los elementos tienen átomos estables y átomos isotópicos que son inestables y tienden a convertirse en otros elementos, por ejemplo, el carbono-14 tiende a transformarse en nitrógeno-14 (Abajo).

La importancia de la química para la biología y la medicina es en ninguna parte más evidente que en los muchos usos de los isótopos radiactivos. Por ejemplo, los isótopos radiactivos pueden usarse como marcadores para detectar cambios moleculares o destruir células anormales o infecciosas. Dado que tanto los isótopos radiactivos como los isótopos estables contienen la misma cantidad de electrones y protones, esencialmente se comportan igual en las reacciones químicas. Por lo tanto, un investigador puede usar una pequeña cantidad de isótopo radioactivo como marcador para detectar cómo un grupo de células o un órgano procesan un determinado elemento o molécula. Por ejemplo, al administrarle a una persona una pequeña cantidad de yodo radiactivo (yodo-131), es posible determinar si la glándula tiroides está funcionando adecuadamente. Otro ejemplo es un procedimiento llamado tomografía por emisión de positrones (PET), que utiliza trazadores para determinar la actividad comparativa de los tejidos. Un trazador de glucosa marcado radioactivamente que emite un positrón (una partícula subatómica que es lo opuesto a un electrón) se inyecta en el cuerpo. Los positrones emiten pequeñas cantidades de radiación, que pueden ser detectadas por sensores y analizadas por una computadora. El resultado es una imagen en color que muestra qué tejidos tomaron glucosa y, por lo tanto, son metabólicamente activos. Se pueden detectar una serie de afecciones, como tumores, enfermedad de Alzheimer, epilepsia o accidente cerebrovascular, usando escaneos PET.

Las sustancias radiactivas en el medio ambiente pueden causar cambios químicos nocivos en las células, dañar el ADN y causar cáncer. La liberación de partículas radiactivas después de un accidente en una planta de energía nuclear puede tener efectos de largo alcance y de larga duración en la salud humana. Por ejemplo, un tsunami del Pacífico en 2011 causó la liberación de cesio-137 radiactivo de la instalación nuclear de Fukushima. Pero los efectos de la radiación también pueden aprovecharse. Pueden colocarse paquetes de isótopos radiactivos en el cuerpo, de modo que las partículas subatómicas emitidas destruyan solo las células cancerígenas, con poco riesgo para el resto del cuerpo.

La radiación de isótopos radiactivos se ha utilizado durante muchos años para esterilizar equipos médicos y dentales. Desde los ataques terroristas en 2001, el correo que está destinado a la Casa Blanca y las oficinas del Congreso en Washington, DC, se irradia para proteger contra agentes biológicos peligrosos, como el ántrax.

Figura 23.  Configuraciones de electrones alrededor del núcleo en el modelo de Bohr. Las órbitas también se denominan niveles de energía o capas de electrones, y cada capa tiene una cantidad limitada de cupos para mantener electrones, cuando un nivel se satura los electrones sobrantes se ubican en la siguiente capa.

La órbita mostrada en la Figura 23 es el nivel energético fundamental del par de electrones del helio, pero a medida que la energía aumenta, los electrones pueden cambiar de posición a una órbita de más energía y más alejada del átomo. Sin embargo, en este punto es donde las cosas se ponen extrañas. La energía que los electrones absorben generalmente es radiación, y no absorben cualquier radiación, solo radiaciones de tipos concretos. Los tipos de radiación electromagnética se describen por medio de la medida de la frecuencia de la onda que compone a la radiación, a mayor energía, la longitud de la onda es más pequeña, por lo general nuestros ojos son capaces de captar un leve fragmento de la radiación electromagnética a la que llamamos luz. Puede decirse que los átomos solo absorben energía de colores particulares, y los demás simplemente le rebotan, lo cual le da su color al objeto que componen.

La otra cosa extraña aparte de solo absorben la energía de colores particulares, es que los electrones no viajan como los cometas, no se desplazan entre las dos órbitas físicamente, cuando un electrón absorbe la energía requerida para subir de nivel, entonces desaparece en la nada en el nivel basal, y reaparece de la nada en el nivel de mayor energía, esto es conocido como salto cuántico. La cantidad de energía para un salto cuántico, al igual que el color de la radiación que la transporta es fijo, ni más ni menos, por ende, se denomina cuanto de energía.

Las órbitas o niveles energéticos también tienen otra propiedad, solo soportan una cantidad fija de electrones en estado basal de energía, por lo que cuando los átomos de los elementos se hacen más pesados, y la cantidad de electrones aumenta, los electrones sobrantes van ocupando mayores niveles de energía, aun cuando se encuentren en su nivel basal. Únicamente los electrones del último nivel de energía o capa más externa son capaces de interactuar con la radiación electromagnética o con otros electrones, por lo que son los únicos que sirven para los procesos químicos. Dado que son los electrones de la capa más externa los que valen, se los conoce como electrones de valencia.

Figura 24.  Una reacción es un cambio de identidad y energía. El óxido de hierro es un material frágil que tiende a fracturarse y convertirse en granos, por lo general se genera desde afuera hacia adentro de una masa de hierro metálico, y cuando el óxido llega hasta el centro de la estructura, se genera una falla catastrófica.

Los electrones de los átomos aislados se encuentran en un falso estado fundamental, en realidad cuando están aislados, sus electrones están inestables, por lo que buscan liberar energía, para hacerlo, generalmente o emiten fotones generando radiación electromagnética en el proceso, o forman enlaces químicos. Los enlaces químicos son atracciones entre dos o más átomos del mismo o de diferentes elementos para formar moléculas. Existen varios tipos de enlaces, aunque en general podemos hablar de tres tipos generales, el enlace iónico, el enlace covalente y el enlace metálico.

El enlace iónico se caracteriza porque un núcleo con avidez por electrones captura el electrón de un átomo con poca avidez por electrones, el electrón con exceso de electrones se hace negativo, y el que le faltan electrones se hace positivo, y dado que los dos polos son opuestos se atraen eléctricamente como un imán de polos opuestos.

En este enlace ningún núcleo es lo bastante fuerte como para atraer los electrones sobre sí mismo todo el tiempo, por lo que los electrones de valencia quedan ensartados en medio de los dos núcleos formando una entidad física que los une llamada enlace y que se representa en los modelos químicos como barras entre los símbolos de los elementos. Si uno de los elementos es un poco más ávido de electrones que su pareja en el enlace puede atraer momentáneamente electrones sobre sí mismo en algunos momentos al azar, haciéndose parcialmente negativo, mientras que su pareja se hace parcialmente positiva.

En este caso los electrones de valencia se expanden y combinan en una entidad que rodea a miles de millones de millones de átomos, haciendo que se comporten como una unidad, además de transmitir fácilmente la electricidad y el calor.

La electronegatividad representa la avidez por electrones de un núcleo, y por lo general los elementos no-metálicos son más electronegativos, y de ellos el más electronegativo es el flúor, y el segundo más electronegativo es el oxígeno. Los elementos de baja electronegatividad son los metales. La cantidad de cargas positivas o negativas en un enlace químico iónico, o la cantidad de enlaces covalentes es determinada por los números de oxidación, un enlace iónico puede estar determinado por más de una carga positiva o negativa, mientras que en los enlaces covalentes pueden haber más de un enlace entre dos núcleos.

Las moléculas pueden ser representadas estructuralmente por los modelos de los átomos individuales que los componen, pero tal proceso es poco eficiente, por lo que en su lugar se emplean los símbolos de los elementos y subíndices para indicar cuántos de esos elementos existen en la molécula. Por ejemplo, la fórmula molecular del agua es  indica que tenemos dos hidrógenos y un oxígeno, los subíndices por lo tanto, solo afectan al símbolo atómico inmediatamente a la izquierda, y cuando solo existen un único átomo, el uno no se escribe. Otro ejemplo es la glucosa , en el cual tenemos 6 átomos de carbono, 12 átomos de hidrógeno y 6 átomos de oxígeno.

Observe cómo la fórmula química para la glucosa indica el tipo y la cantidad de cada elemento que se encuentra en la molécula. Las fórmulas químicas no indican la disposición de estos elementos. Como veremos más adelante, a veces son varias estructuras diferentes que pueden formarse basándose en una fórmula química.

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Ecuación química de la fotosíntesis. Izquierda reactivos, derecha productos, la flecha se llama produce, y lo que está arriba de la flecha son condiciones físicas o catalizadores.

La reacción química es el proceso en que una sustancia se combina con otra u otras sustancias, para producir sustancias nuevas y un cambio de energía. Físicamente el proceso implica la transfiguración de unas sustancias en otras con propiedades diferentes, como cuando el hierro metálico que es lustroso y gris brillante se mezcla con el oxígeno del aire para dar lugar al óxido férrico que es una sustancia opaca roja incapaz de sostenerse como un metal, tendiendo a derruirse como un polvo terroso al que se le denomina comúnmente óxido o herrumbre.

Las ecuaciones químicas son los modelos matemáticos que empleamos para describir a las reacciones químicas en términos de cantidades de masa y cambios de energía. Un ejemplo es la ecuación química de la fotosíntesis (Ecuación 1) aquí a parte de las fórmulas moleculares tenemos numerales grandes a la izquierda de la fórmula, que indica cuantas moléculas están involucradas en la reacción, y la flecha que se lee como produce, el produce indica que a la izquierda las sustancias son reactivos consumidos por la reacción, los átomos de los reactivos son reorganizados junto con un cambio energético para generar las sustancias a la derecha de la flecha, que serán los productos. Por lo anterior en la ecuación de la fotosíntesis tenemos 6 moléculas de agua, y 6 moléculas de dióxido de carbono, que al reaccionar con los componentes de la planta y la energía del Sol se transmutan en 1 molécula de glucosa y 6 moléculas de dioxígeno.

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